（一）生態旅游特殊專項化與經濟效益之間的矛盾
大眾旅游不利于生態環境的保護，不利于承擔環境保護的責任，不利于公平分配利益相關者之間的利益。生態旅游是實現可持續旅游的一種發展模式，比大眾旅游更注重對當地自然和文化的保護、更注重對旅游者的教育，消費高于國內大眾旅游的消費水平，是高層次的旅游活動。所以從目前我國的形勢來看，生態旅游應該是特殊專項化的，但特殊專項化能帶來保護資源所需要的大量資金嗎？我國生態旅游正處于初級發展階段，各個方面都不成熟，開展還受到諸多限制，其接待人數、經濟收入是主要的考核指標，恐怕真正意義上的生態旅游難以擔此重任。所以這就造成了生態旅游特殊專項化與經濟效益之間的矛盾。在這方面的案例依據是國家級重點風景名勝區張家界武陵源，為了經濟利益進行無節制、超容量的開發。

（二）生態旅游地差別迥異，認證標準難以統一
在生態旅游泛化現象日益嚴重的推動下，不少專家學者投身于生態旅游的認證和標準的建立，以期能在全國乃至全世界范圍內通行，通過此認證標準的就是生態旅游景區，打造生態旅游的示范基地，統一規范“混亂”的生態旅游市場。但隨著生態旅游的發展，生態旅游標準的發展呈現多樣化的特征，認證項目數量急劇增加，但只有少數的國際性標準正在形成和推廣。還有很多認證體系是建立在國外經典的認證體系基礎上的，但盲目采用舶來發達國家的標準，不利于我國對生態旅游的發展和引導規范。各個生態旅游地的資源特色不同，所認證的重點和核心要素不一，很難在全國范圍內建立統一的標準。